航空貨運站業務包括航空貨物進、出口處理,與目前 桃園航空自由貿易港區之經營項目相同。但因與機場管制區有專屬道路連結,故可增加處理轉口及生鮮、快遞等講求時效處理之貨物。由於第一期貨運站於民國九十五年興建完成後, 桃園航空自由貿易港區即須將所有進出口作業移往新貨運站,在此情況下貨源無虞。更因貨物處理空間大增,限制減少,有十足機會爭取飛航台北的外籍航空公司代理,掌握至少四成以上之貨源。

更重要的是本貨站將掌控園區內自由貿易港區進、出口之貨源,此為機場內現有兩家貨運站所無法具備的核心優勢。